Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL6A3P12111 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms