Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VIMP08670 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
VIMP08670 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VIMP08670 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VIMP08670 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VIMP08670 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VIMP08670 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VIMP08670 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VIMP08670 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VIMP08670 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VIMP08670 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VIMP08670 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VIMP08670 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VIMP08670 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VIMP08670 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VIMP08670 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VIMP08670 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VIMP08670 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VIMP08670 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VIMP08670 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VIMP08670 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VIMP08670 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VIMP08670 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VIMP08670 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VIMP08670 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VIMP08670 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VIMP08670 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VIMP08670 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VIMP08670 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VIMP08670 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VIMP08670 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VIMP08670 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VIMP08670 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VIMP08670 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VIMP08670 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VIMP08670 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VIMP08670 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VIMP08670 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VIMP08670 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VIMP08670 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VIMP08670 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VIMP08670 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VIMP08670 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VIMP08670 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VIMP08670 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VIMP08670 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VIMP08670 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VIMP08670 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VIMP08670 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VIMP08670 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VIMP08670 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VIMP08670 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VIMP08670 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VIMP08670 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VIMP08670 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VIMP08670 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VIMP08670 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VIMP08670 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VIMP08670 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VIMP08670 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VIMP08670 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms