Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VAMP4O75379 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
VAMP4O75379 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
VAMP4O75379 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
VAMP4O75379 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
VAMP4O75379 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
VAMP4O75379 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
VAMP4O75379 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
VAMP4O75379 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
VAMP4O75379 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
VAMP4O75379 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
VAMP4O75379 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
VAMP4O75379 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms