Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC39Q9UFE4 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms