Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
EXOSC3Q9NQT5 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC3Q9NQT5 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms