Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CHMP4CQ96CF2 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4CQ96CF2 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4CQ96CF2 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.1 ms