Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHHQ15465 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SHHQ15465 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHHQ15465 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHHQ15465 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SHHQ15465 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHHQ15465 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHHQ15465 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHHQ15465 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHHQ15465 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHHQ15465 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHHQ15465 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHHQ15465 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHHQ15465 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHHQ15465 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHHQ15465 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHHQ15465 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHHQ15465 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
SHHQ15465 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHHQ15465 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHHQ15465 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHHQ15465 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC24■■□□□ 1.43
SHHQ15465 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SHHQ15465 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC24■■□□□ 1.43
SHHQ15465 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SHHQ15465 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SHHQ15465 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SHHQ15465 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SHHQ15465 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SHHQ15465 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHHQ15465 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHHQ15465 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHHQ15465 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SHHQ15465 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHHQ15465 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHHQ15465 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHHQ15465 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHHQ15465 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHHQ15465 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHHQ15465 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHHQ15465 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHHQ15465 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHHQ15465 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHHQ15465 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHHQ15465 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHHQ15465 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
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