Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC9Q9Y3X0 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC9Q9Y3X0 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms