Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.4 ms