Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS28Q9UK41 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS28Q9UK41 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms