Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMD1Q9UGP4 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms