Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC87Q9NVE4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms