Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
ERCC4Q92889 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
ERCC4Q92889 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms