Protein–RNA interactions for Protein: Q01581

HMGCS1, Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, cytoplasmic, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGCS1Q01581 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGCS1Q01581 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HMGCS1Q01581 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms