Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	RMR1	YGL250W	726 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	LSB1	YGR136W	726 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	MRPL6	YHR147C	645 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	BAT2	YJR148W	1131 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	COS3	YML132W	1140 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	MCM1	YMR043W	861 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	SUA7	YPR086W	1038 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	COS2	YBR302C	1140 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	MOT2	YER068W	1764 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	snR78	snR78	87 nt		4.51	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	AHA1	YDR214W	1053 nt		4.51	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YGR015C	YGR015C	987 nt		4.51	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	LNP1	YHR192W	837 nt		4.51	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	RAD27	YKL113C	1149 nt		4.51	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	TVP38	YKR088C	1014 nt		4.51	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	TIS11	YLR136C	858 nt		4.51	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	SEC72	YLR292C	582 nt		4.51	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YLR346C	YLR346C	306 nt		4.51	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	LTV1	YKL143W	1392 nt		4.51	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	GGA1	YDR358W	1674 nt		4.51	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	STP4	YDL048C	1473 nt		4.5	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	TRM8	YDL201W	861 nt		4.5	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YBL077W	YBL077W	432 nt		4.5	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	MPD1	YOR288C	957 nt		4.5	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	BSD2	YBR290W	966 nt		4.5	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	MRP13	YGR084C	1020 nt		4.49	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YIL089W	YIL089W	618 nt		4.49	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	RPL14A	YKL006W	417 nt		4.49	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	IRC14	YOR135C	342 nt		4.49	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	SLX1	YBR228W	915 nt		4.49	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	ARG4	YHR018C	1392 nt		4.49	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	GAS5	YOL030W	1455 nt		4.49	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	CDC48	YDL126C	2508 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	MTR10	YOR160W	2919 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	RGP1	YDR137W	1992 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YEL045C	YEL045C	426 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	RPL34A	YER056C-A	366 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)C	tK(CUU)C	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)D1	tK(CUU)D1	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)D2	tK(CUU)D2	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)E1	tK(CUU)E1	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)E2	tK(CUU)E2	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)F	tK(CUU)F	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)G1	tK(CUU)G1	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)G2	tK(CUU)G2	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)G3	tK(CUU)G3	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)I	tK(CUU)I	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)J	tK(CUU)J	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)K	tK(CUU)K	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)M	tK(CUU)M	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	tK(CUU)P	tK(CUU)P	73 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	CIR1	YGR207C	786 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	MRP4	YHL004W	1185 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	SNL1	YIL016W	480 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YIM1	YMR152W	1098 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	SUI1	YNL244C	327 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	TGS1	YPL157W	948 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YBR134W	YBR134W	402 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	PCA1	YBR295W	3651 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	PUS9	YDL036C	1389 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	AIP1	YMR092C	1848 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	MET4	YNL103W	2019 nt		4.48	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	KIN4	YOR233W	2403 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	COP1	YDL145C	3606 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YDL026W	YDL026W	312 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	MSW1	YDR268W	1140 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YGR204C-A	YGR204C-A	114 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YHR173C	YHR173C	339 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YHR193C-A	YHR193C-A	375 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YKL071W	YKL071W	771 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	HRT3	YLR097C	1035 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	FLD1	YLR404W	858 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	CDC21	YOR074C	915 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	SSL1	YLR005W	1386 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	ALG9	YNL219C	1668 nt		4.47	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	MSE1	YOL033W	1611 nt		4.46	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	PRD1	YCL057W	2139 nt		4.46	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	RPG1	YBR079C	2895 nt		4.46	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	NUP2	YLR335W	2163 nt		4.46	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	FAR8	YMR029C	1572 nt		4.46	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	BUD30	YDL151C	582 nt		4.46	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	YGL199C	YGL199C	471 nt		4.46	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	YGR016W	YGR016W	573 nt		4.46	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	SFH5	YJL145W	885 nt		4.46	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	OCT1	YKL134C	2319 nt		4.45	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	snR63	snR63	255 nt		4.45	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	MAF1	YDR005C	1188 nt		4.45	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	YMR082C	YMR082C	357 nt		4.45	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	PRM7	YDL039C	2097 nt		4.45	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	CLB5	YPR120C	1308 nt		4.45	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	APL6	YGR261C	2430 nt		4.44	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	COX4	YGL187C	468 nt		4.44	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	YGR079W	YGR079W	1113 nt		4.44	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	YHL049C	YHL049C	816 nt		4.44	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	WSS1	YHR134W	810 nt		4.44	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	VPS71	YML041C	843 nt		4.44	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	MRP21	YBL090W	534 nt		4.44	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	PGM2	YMR105C	1710 nt		4.43	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	RPB7	YDR404C	516 nt		4.43	□□□□□ -1.7
SHP1	P34223	RPL24A	YGL031C	468 nt		4.43	□□□□□ -1.7

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