Protein–RNA interactions for Protein: O00635

TRIM38, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM38, humanhuman

Predictions only

Length 465 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM38O00635 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM38O00635 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM38O00635 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms