Protein–RNA interactions for Protein: A0A539

TCRBV7S3A2, T-cell receptor beta variable 4-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 114 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCRBV7S3A2A0A539 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
TCRBV7S3A2A0A539 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCRBV7S3A2A0A539 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCRBV7S3A2A0A539 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCRBV7S3A2A0A539 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCRBV7S3A2A0A539 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCRBV7S3A2A0A539 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCRBV7S3A2A0A539 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
TCRBV7S3A2A0A539 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCRBV7S3A2A0A539 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCRBV7S3A2A0A539 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCRBV7S3A2A0A539 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.4 ms