Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 TRMT2B-202ENST00000372936 3327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 HTR4-201ENST00000360693 3082 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 PCID2-205ENST00000375477 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 HTR3D-202ENST00000382489 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AGGF1P10-201ENST00000635005 2191 ntBASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 KRTAP10-8-201ENST00000334662 876 ntAPPRIS P1 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 NANOS3-202ENST00000397555 769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 MB-204ENST00000401702 1043 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 MKL1-204ENST00000402630 747 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC019349.1-201ENST00000411759 476 ntTSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 RN7SL76P-201ENST00000482435 289 ntBASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 TATDN3-208ENST00000526997 794 ntTSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AP001922.5-201ENST00000527803 651 ntTSL 4 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 TATDN3-213ENST00000531963 1291 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 ORMDL2-204ENST00000550836 438 ntTSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AL157871.2-201ENST00000556212 552 ntTSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 RBM15-203ENST00000602849 3368 ntAPPRIS P1 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 NECAP2-202ENST00000443980 1929 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 PNPLA5-201ENST00000216177 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 CDC14B-201ENST00000375240 2547 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 FLJ40288-201ENST00000332558 1998 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 ITGAL-203ENST00000433423 1416 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 ZNF114-201ENST00000315849 2206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 CALB1-201ENST00000265431 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 TRIM60-201ENST00000341062 1867 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 CNGA3-204ENST00000409937 2615 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 CDC25C-202ENST00000348983 1951 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 TOP1MT-213ENST00000521193 1960 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 LINC01679-201ENST00000442815 2798 ntTSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 C1QTNF3-202ENST00000382065 2802 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 TPM3-204ENST00000323144 1088 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 VSTM1-202ENST00000366170 654 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 CHCHD1-202ENST00000372837 1202 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 GSG1L2-201ENST00000399363 882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AP002856.3-201ENST00000441665 635 ntTSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 TCEA3-204ENST00000461794 713 ntTSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AACSP1-202ENST00000521412 1095 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC068858.1-201ENST00000525114 1239 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 ROM1-205ENST00000534093 862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC126471.1-201ENST00000550676 362 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC021755.2-201ENST00000559022 461 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 MARVELD3-205ENST00000567501 582 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 MIR4309-201ENST00000582498 83 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 CYP4F10P-201ENST00000589560 752 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC092634.5-206ENST00000593670 812 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 PDZRN3-AS1-202ENST00000608304 774 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 PDZRN3-AS1-203ENST00000608743 780 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC087893.1-201ENST00000612818 664 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 RPS3-209ENST00000527446 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 FSTL1-202ENST00000424703 1396 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 SLC36A1-211ENST00000616007 1389 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 LSM14A-201ENST00000433627 3424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 NAA60-214ENST00000572584 2450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 GLB1-203ENST00000399402 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 HAL-202ENST00000538703 2637 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 SEC24B-202ENST00000399100 3780 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 ATAT1-204ENST00000330083 1728 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 FXR1-214ENST00000480918 1996 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 TBC1D3I-201ENST00000616671 1982 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 ZFYVE19-209ENST00000564258 2059 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 SLC22A6-202ENST00000377871 2151 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AAK1-202ENST00000409068 2606 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 RAPGEF3-218ENST00000548919 2776 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 KLC2-206ENST00000417856 3015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 RNF145-212ENST00000611185 3624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 PRDX2-202ENST00000334482 784 ntTSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 PARK7-204ENST00000377493 795 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 TACR1-202ENST00000409848 1270 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 KDM5C-IT1-201ENST00000412242 755 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC007312.1-201ENST00000427493 258 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 CYP2F2P-201ENST00000437853 1056 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 NEMF-210ENST00000556672 590 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC023509.4-201ENST00000602306 775 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AL161937.2-201ENST00000615503 403 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 LINC00923-208ENST00000621777 503 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC245427.1-201ENST00000633705 760 ntAPPRIS P1 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC109326.1-201ENST00000624705 1321 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 TXNDC17-201ENST00000250101 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 C20orf166-AS1-203ENST00000475015 2585 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 ATCAY-205ENST00000600960 2904 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 ABCG1-203ENST00000361802 3034 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 SAP130-201ENST00000259234 4140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 TMEM123-201ENST00000361236 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 LRRFIP1-203ENST00000308482 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 STRA6-203ENST00000416286 2750 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 CREB5-204ENST00000396300 2319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 GJB1-202ENST00000374022 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 LILRA6-203ENST00000396365 1890 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC004147.4-201ENST00000636421 1844 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 AC119674.2-203ENST00000642129 1675 ntAPPRIS P5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 SETDB1-202ENST00000368962 1478 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
TCOF1Q13428 LINC01137-201ENST00000424989 1395 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
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