Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 ZNF621-204ENST00000431278 2613 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 PDPK1-202ENST00000342085 7241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 SLC44A3-209ENST00000532427 1912 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AC104590.1-202ENST00000558368 1921 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 LINC01792-201ENST00000452787 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 CCHCR1-203ENST00000396268 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AL356130.1-201ENST00000620188 1965 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 VOPP1-206ENST00000428097 1671 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 SOX30-203ENST00000519442 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 INCA1-201ENST00000355025 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 LINC02433-202ENST00000507108 1395 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 LINC02537-201ENST00000635943 1367 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 PDE2A-206ENST00000444035 4193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 PPP5D1-201ENST00000414155 1882 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 TTC4-201ENST00000371281 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 PNKD-203ENST00000273077 3021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 NHP2-202ENST00000314397 599 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 TNNT1-202ENST00000356783 934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 PRELID3B-202ENST00000371033 943 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 PLA2G2E-201ENST00000375116 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 SETD7-203ENST00000406354 1127 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AL158207.2-201ENST00000414926 266 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AC093495.1-201ENST00000420253 1067 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 IFNWP2-201ENST00000431203 580 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AC098820.2-201ENST00000457694 666 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 LUCAT1-201ENST00000511918 828 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AC078852.1-201ENST00000515842 441 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 MYOZ3-205ENST00000520112 605 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 MKRN3-202ENST00000564592 629 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AC012146.4-201ENST00000575546 271 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 KRT8P34-201ENST00000577607 1044 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AC137723.1-201ENST00000584705 709 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 APOC1-209ENST00000592885 562 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 KF455155.1-201ENST00000604493 303 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 NDRG2-251ENST00000556147 2880 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 TNFRSF1B-201ENST00000376259 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 KHNYN-201ENST00000251343 6725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 EVC2-201ENST00000310917 4828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 RGL4-202ENST00000401461 2420 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 PLEKHD1-201ENST00000322564 4865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 MCRIP1-207ENST00000574190 2775 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 ZDHHC11-201ENST00000283441 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 ARHGAP45-203ENST00000543365 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 PAX3-203ENST00000344493 3109 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 DAO-208ENST00000551281 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 DNAJC27-201ENST00000264711 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 MAP3K4-204ENST00000392142 5490 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 SLC23A1-202ENST00000353963 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 INF2-203ENST00000392634 4672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 IL20RA-203ENST00000367748 3522 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 GOLGA8G-203ENST00000525590 2009 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 GOLGA8F-202ENST00000532622 2009 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AL359878.1-201ENST00000381466 1886 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 TNPO2-202ENST00000425528 5122 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 ACKR3-201ENST00000272928 2203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 DGCR9-201ENST00000609630 2415 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 JADE2-203ENST00000395003 6465 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 TLE1-203ENST00000376499 3893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 NUP85-201ENST00000245544 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 TUBB8P7-202ENST00000564451 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 SNX30-201ENST00000374232 7622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 KIFC3-207ENST00000543930 3018 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 Z84468.1-201ENST00000626321 1408 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 TRPV1-201ENST00000310522 2340 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 ARHGAP45-206ENST00000586866 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 ZBTB7B-207ENST00000535420 3777 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 SRSF5-201ENST00000394366 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 C20orf96-203ENST00000400269 1608 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 MYL7-201ENST00000223364 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 NDUFB11-201ENST00000276062 948 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 FCN2-202ENST00000350339 943 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 RPL10-202ENST00000369817 1284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 TTPAL-203ENST00000372906 1139 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 CCL19-202ENST00000378800 414 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 KRTAP4-12-201ENST00000394014 1077 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AC133141.1-201ENST00000443015 339 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 BICD1P1-201ENST00000457832 1222 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AL662899.2-201ENST00000503322 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 MRPS36-204ENST00000512880 1200 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AC092656.1-202ENST00000515843 998 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AC023968.2-201ENST00000560593 1049 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 MRPS36-205ENST00000602380 1200 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 HIST1H3E-201ENST00000614911 462 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 RBM6-211ENST00000443081 4010 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 COL7A1-201ENST00000328333 9276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 KIAA0319-203ENST00000535378 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 BABAM2-204ENST00000379624 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 PIGB-202ENST00000539642 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 SIDT1-201ENST00000264852 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 JPH3-201ENST00000284262 3985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 AP001062.1-201ENST00000448927 4354 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 PCDHGB7-201ENST00000398594 4765 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 MCHR1-201ENST00000249016 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 MED12L-202ENST00000309237 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 RBM15-204ENST00000617047 3284 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 RHBDL2-201ENST00000289248 2129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 HMGB1-202ENST00000339872 2319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SMARCA1P28370 CCDC126-202ENST00000409765 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.6 ms