Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USH1CQ9Y6N9 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USH1CQ9Y6N9 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms