Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP3Q9Y3E7 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CHMP3Q9Y3E7 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CHMP3Q9Y3E7 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms