Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL9A3Q14050 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
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