Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HDAC4P56524 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HDAC4P56524 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HDAC4P56524 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HDAC4P56524 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HDAC4P56524 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HDAC4P56524 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HDAC4P56524 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HDAC4P56524 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
HDAC4P56524 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HDAC4P56524 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
HDAC4P56524 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HDAC4P56524 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms