Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
HOXD3P31249 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms