Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RAP1GAP-211ENST00000495204 2489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 GMPR2-205ENST00000456667 1484 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 SERPINI1-201ENST00000295777 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 XRCC6-201ENST00000359308 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 TMCO1-203ENST00000464650 1100 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AL358215.1-201ENST00000481350 482 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC022121.1-201ENST00000484584 579 ntBASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 TMEM154-202ENST00000504064 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 DDIAS-204ENST00000525388 961 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC048380.1-201ENST00000589818 465 ntTSL 3 BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 BTN2A2-204ENST00000432533 1570 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 SLC37A3-203ENST00000447932 3254 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 MDM1-204ENST00000411698 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 MRC2-202ENST00000446119 3201 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ERGIC3-202ENST00000348547 1359 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 KIR2DL4-203ENST00000357494 1396 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 JAML-211ENST00000533261 1508 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 POLL-202ENST00000339310 2289 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ZNF568-201ENST00000333987 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ANKRD20A7P-201ENST00000402318 2414 ntBASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ATP2B2-210ENST00000638646 3465 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ALG1-204ENST00000588623 2671 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 FOLR1-203ENST00000393679 1331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 CASC4P1-201ENST00000456608 1312 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 DPY19L2P2-201ENST00000312132 4078 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ZSCAN5C-202ENST00000534327 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 AC020658.7-201ENST00000624274 2442 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 STX3-207ENST00000633708 3111 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 SLIRP-201ENST00000238688 394 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 LXN-201ENST00000264265 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 RBPMS-201ENST00000287771 2974 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 CITED1-206ENST00000431381 941 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 AC002451.1-202ENST00000432265 771 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 AL606970.2-201ENST00000434596 470 ntTSL 3 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 AL662860.1-201ENST00000436804 877 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 AP000959.1-201ENST00000441759 977 ntTSL 3 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 CITED1-207ENST00000445983 820 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 TRBV11-2-201ENST00000471935 408 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
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TCOF1Q13428 AC090617.6-201ENST00000572790 443 ntTSL 3 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 HNRNPA1P11-201ENST00000580106 956 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 AC005332.2-201ENST00000590010 930 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 AC012615.6-203ENST00000590531 272 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 FXYD3-212ENST00000605550 590 ntTSL 4 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 OR4C3-202ENST00000611380 597 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 BX510359.7-201ENST00000619819 630 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
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TCOF1Q13428 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 PMP22-203ENST00000395938 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 AC115284.2-201ENST00000624646 2054 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 DCAF5-209ENST00000557386 2883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 MOG-221ENST00000376917 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 IL18BP-202ENST00000337131 1606 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 AC008806.1-201ENST00000624962 2443 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 GK-205ENST00000378946 3638 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 PPP5D1-201ENST00000414155 1882 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 SLC7A7-201ENST00000285850 2263 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
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TCOF1Q13428 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 GORASP2-201ENST00000234160 3173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 IGHG3-202ENST00000641136 2751 ntAPPRIS P1 BASIC19.75■□□□□ 0.75
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TCOF1Q13428 ZFP82-201ENST00000392161 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
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TCOF1Q13428 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 TEX38-201ENST00000334122 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 SUMO1-202ENST00000392245 1071 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 CRYBB2-201ENST00000398215 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 KRT18P39-201ENST00000415349 1299 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 YIPF7-202ENST00000415895 1196 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 HMGN1P4-201ENST00000419500 290 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ADPGK-202ENST00000456471 808 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 RN7SL33P-201ENST00000462543 342 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 FTH1-205ENST00000529631 507 ntTSL 4 BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 HAX1-211ENST00000532105 771 ntTSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 AC034102.3-201ENST00000551846 300 ntTSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 AC109597.2-201ENST00000569407 927 ntTSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 CR936218.2-201ENST00000574252 759 ntTSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 RPS9-213ENST00000626547 476 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ADORA3-204ENST00000632535 1201 ntTSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 MYD88-201ENST00000396334 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 MYD88-203ENST00000417037 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 USP36-202ENST00000449938 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 SEMA3F-202ENST00000413852 3212 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
TCOF1Q13428 ABCG1-205ENST00000398449 2998 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
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