Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 ATRIP-204ENST00000412052 2721 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 S1PR2-201ENST00000590320 3582 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 PCDHB19P-202ENST00000625133 2914 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 WFDC3-201ENST00000243938 1000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 FAM122C-203ENST00000414371 2119 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 ASLP1-201ENST00000428790 637 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 RBPMSLP-201ENST00000433427 502 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 AC092865.2-201ENST00000439409 971 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 CST7-201ENST00000480798 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 PAX5-213ENST00000523145 830 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 AC116025.1-201ENST00000575404 415 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 ALX1-201ENST00000316824 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 AC000120.1-201ENST00000414227 1589 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 SERPING1-203ENST00000378323 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 CTCFL-211ENST00000502686 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 DYNC1I2-204ENST00000409317 2196 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 ZFP37-203ENST00000555206 2451 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 TAF11-202ENST00000420584 1465 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 AC006144.1-201ENST00000424220 1600 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 KRT40-202ENST00000398486 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 AC139491.6-202ENST00000637171 2077 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 NTNG1-208ENST00000370074 3048 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 SERPINA4-203ENST00000557004 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 AC004890.2-205ENST00000416232 2804 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 FUNDC1-201ENST00000378045 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 TISP43-202ENST00000409982 1039 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 AC010997.2-201ENST00000427610 260 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 ALDOAP1-201ENST00000491506 1078 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 H1FOO-202ENST00000503977 881 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 AC010395.2-201ENST00000509899 904 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 MT1X-202ENST00000562939 538 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 AC026461.1-201ENST00000567563 551 ntTSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 SERPING1-213ENST00000619430 634 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 PACRG-AS3-204ENST00000620150 567 ntTSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 RSPH9-202ENST00000372165 2586 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 NDRG2-201ENST00000298684 1784 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 HTR3A-201ENST00000299961 1994 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 CYP51A1-AS1-201ENST00000453068 2957 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 TTC4-201ENST00000371281 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
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TCOF1Q13428 A1BG-AS1-203ENST00000594950 1718 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
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TCOF1Q13428 KIFC3-204ENST00000465878 3225 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 SERPINA1-205ENST00000404814 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 IGSF23-201ENST00000402988 989 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
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TCOF1Q13428 P2RX6P-202ENST00000450626 357 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 AC103724.2-201ENST00000520355 476 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
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TCOF1Q13428 MAFG-AS1-202ENST00000583492 969 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 PLA2G4C-AS1-203ENST00000601950 454 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
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TCOF1Q13428 SMTN-202ENST00000347557 3130 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
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TCOF1Q13428 TGM5-207ENST00000622115 2202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
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TCOF1Q13428 DLX4-206ENST00000611342 1662 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 FAM83A-AS1-202ENST00000520576 1347 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
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TCOF1Q13428 LIMS1-205ENST00000410093 1526 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 MDH2-203ENST00000432020 1548 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 CTSD-208ENST00000636843 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 C7orf57-204ENST00000435376 1925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 C7orf57-206ENST00000539619 1927 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 POLL-205ENST00000370169 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 RFX2-222ENST00000592546 2578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.78
TCOF1Q13428 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
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TCOF1Q13428 CSF2RB-203ENST00000406230 2895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 XRRA1-207ENST00000527087 2505 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 OR7E12P-201ENST00000344740 973 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 HYKK-201ENST00000388988 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 TEX33-203ENST00000405091 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 U3.41-201ENST00000408711 219 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CA5BP1-205ENST00000435806 1064 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AL022725.1-201ENST00000436283 369 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FAM157A-201ENST00000437428 1141 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 RN7SL794P-201ENST00000469816 280 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 RN7SL22P-201ENST00000471800 269 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FAR1-IT1-201ENST00000525233 368 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AL139353.1-202ENST00000547378 474 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 DSCR9-203ENST00000581640 472 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC009812.1-201ENST00000605948 1059 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PRKCSH-212ENST00000591462 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SP140L-203ENST00000415673 2665 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CREB3L4-204ENST00000368603 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ZCCHC9-203ENST00000407610 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ARHGAP6-204ENST00000380718 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 DMTN-220ENST00000523266 2735 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC013460.1-202ENST00000435062 2253 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 EVA1A-201ENST00000233712 1815 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 GPER1-203ENST00000397092 2971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SERPINI1-202ENST00000446050 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
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