Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS29Q9UBQ0 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 357.4 ms