Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC20.69■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms