Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0E7

USP44, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 44, humanhuman

Predictions only

Length 712 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP44Q9H0E7 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
USP44Q9H0E7 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC28■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC28■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP44Q9H0E7 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms