Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRERF1Q96PN7 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TRERF1Q96PN7 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms