Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms