Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC54Q8NEL0 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.2 ms