Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC26.2■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms