Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHHQ15465 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHHQ15465 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHHQ15465 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHHQ15465 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHHQ15465 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHHQ15465 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHHQ15465 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHHQ15465 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SHHQ15465 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHHQ15465 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHHQ15465 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHHQ15465 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHHQ15465 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHHQ15465 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHHQ15465 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHHQ15465 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHHQ15465 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHHQ15465 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHHQ15465 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHHQ15465 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHHQ15465 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHHQ15465 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHHQ15465 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHHQ15465 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHHQ15465 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHHQ15465 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHHQ15465 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHHQ15465 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHHQ15465 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHHQ15465 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHHQ15465 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHHQ15465 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHHQ15465 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHHQ15465 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHHQ15465 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHHQ15465 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SHHQ15465 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SHHQ15465 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHHQ15465 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHHQ15465 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SHHQ15465 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHHQ15465 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHHQ15465 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHHQ15465 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHHQ15465 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHHQ15465 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHHQ15465 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHHQ15465 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHHQ15465 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHHQ15465 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHHQ15465 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHHQ15465 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHHQ15465 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHHQ15465 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHHQ15465 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SHHQ15465 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHHQ15465 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHHQ15465 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHHQ15465 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHHQ15465 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHHQ15465 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHHQ15465 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SHHQ15465 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHHQ15465 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHHQ15465 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHHQ15465 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHHQ15465 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHHQ15465 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHHQ15465 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHHQ15465 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms