Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC38.06■■■■□ 3.68
CUX1P39880 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC38.06■■■■□ 3.68
CUX1P39880 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
CUX1P39880 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC38.06■■■■□ 3.68
CUX1P39880 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
CUX1P39880 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC38.05■■■■□ 3.68
CUX1P39880 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
CUX1P39880 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC38.05■■■■□ 3.68
CUX1P39880 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
CUX1P39880 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
CUX1P39880 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
CUX1P39880 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC38.05■■■■□ 3.68
CUX1P39880 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
CUX1P39880 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CUX1P39880 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CUX1P39880 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CUX1P39880 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CUX1P39880 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
CUX1P39880 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CUX1P39880 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC38.04■■■■□ 3.68
CUX1P39880 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.03■■■■□ 3.68
CUX1P39880 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC38.03■■■■□ 3.68
CUX1P39880 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC38.03■■■■□ 3.68
CUX1P39880 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC38.03■■■■□ 3.68
CUX1P39880 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC38.03■■■■□ 3.68
CUX1P39880 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC38.03■■■■□ 3.68
CUX1P39880 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC38.03■■■■□ 3.68
CUX1P39880 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC38.03■■■■□ 3.68
CUX1P39880 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.02■■■■□ 3.68
CUX1P39880 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
CUX1P39880 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC38.02■■■■□ 3.68
CUX1P39880 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC38.02■■■■□ 3.68
CUX1P39880 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC38.02■■■■□ 3.68
CUX1P39880 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC38.02■■■■□ 3.68
CUX1P39880 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
CUX1P39880 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
CUX1P39880 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC38.02■■■■□ 3.68
CUX1P39880 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.01■■■■□ 3.68
CUX1P39880 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.68
CUX1P39880 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.68
CUX1P39880 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.68
CUX1P39880 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.67
CUX1P39880 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.67
CUX1P39880 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC38■■■■□ 3.67
CUX1P39880 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38■■■■□ 3.67
CUX1P39880 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
CUX1P39880 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC38■■■■□ 3.67
CUX1P39880 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC38■■■■□ 3.67
CUX1P39880 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC38■■■■□ 3.67
CUX1P39880 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
CUX1P39880 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38■■■■□ 3.67
CUX1P39880 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
CUX1P39880 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC38■■■■□ 3.67
CUX1P39880 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CUX1P39880 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CUX1P39880 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CUX1P39880 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CUX1P39880 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CUX1P39880 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
CUX1P39880 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
CUX1P39880 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC37.98■■■■□ 3.67
CUX1P39880 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC37.98■■■■□ 3.67
CUX1P39880 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
CUX1P39880 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC37.97■■■■□ 3.67
CUX1P39880 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
CUX1P39880 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC37.97■■■■□ 3.67
CUX1P39880 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC37.97■■■■□ 3.67
CUX1P39880 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC37.97■■■■□ 3.67
CUX1P39880 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC37.97■■■■□ 3.67
CUX1P39880 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
CUX1P39880 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC37.96■■■■□ 3.67
CUX1P39880 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
CUX1P39880 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC37.96■■■■□ 3.67
CUX1P39880 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC37.96■■■■□ 3.67
CUX1P39880 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC37.96■■■■□ 3.67
CUX1P39880 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
CUX1P39880 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
CUX1P39880 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
CUX1P39880 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
CUX1P39880 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
CUX1P39880 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC37.95■■■■□ 3.67
CUX1P39880 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC37.95■■■■□ 3.67
CUX1P39880 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
CUX1P39880 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC37.94■■■■□ 3.66
CUX1P39880 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
CUX1P39880 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
CUX1P39880 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC37.94■■■■□ 3.66
CUX1P39880 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
CUX1P39880 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
CUX1P39880 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
CUX1P39880 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.93■■■■□ 3.66
CUX1P39880 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC37.93■■■■□ 3.66
CUX1P39880 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
CUX1P39880 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
CUX1P39880 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.93■■■■□ 3.66
CUX1P39880 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC37.92■■■■□ 3.66
CUX1P39880 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
CUX1P39880 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
CUX1P39880 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
CUX1P39880 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC37.92■■■■□ 3.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms