Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH3P20585 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH3P20585 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH3P20585 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
MSH3P20585 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
MSH3P20585 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
MSH3P20585 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH3P20585 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH3P20585 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH3P20585 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH3P20585 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH3P20585 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH3P20585 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH3P20585 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH3P20585 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH3P20585 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH3P20585 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH3P20585 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH3P20585 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH3P20585 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH3P20585 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH3P20585 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH3P20585 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH3P20585 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH3P20585 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH3P20585 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH3P20585 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH3P20585 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH3P20585 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH3P20585 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH3P20585 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH3P20585 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH3P20585 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH3P20585 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH3P20585 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH3P20585 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH3P20585 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH3P20585 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH3P20585 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH3P20585 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH3P20585 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH3P20585 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH3P20585 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH3P20585 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH3P20585 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH3P20585 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH3P20585 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH3P20585 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH3P20585 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH3P20585 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH3P20585 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms