Protein–RNA interactions for Protein: P01375

TNF, Tumor necrosis factor, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFP01375 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFP01375 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFP01375 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFP01375 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFP01375 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TNFP01375 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
TNFP01375 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TNFP01375 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TNFP01375 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TNFP01375 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TNFP01375 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TNFP01375 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TNFP01375 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TNFP01375 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TNFP01375 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TNFP01375 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TNFP01375 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TNFP01375 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TNFP01375 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TNFP01375 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TNFP01375 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TNFP01375 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TNFP01375 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
TNFP01375 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TNFP01375 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
TNFP01375 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TNFP01375 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TNFP01375 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TNFP01375 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TNFP01375 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TNFP01375 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TNFP01375 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TNFP01375 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TNFP01375 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TNFP01375 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TNFP01375 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
TNFP01375 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
TNFP01375 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
TNFP01375 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
TNFP01375 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
TNFP01375 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
TNFP01375 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TNFP01375 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
TNFP01375 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TNFP01375 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TNFP01375 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TNFP01375 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TNFP01375 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TNFP01375 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TNFP01375 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TNFP01375 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TNFP01375 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TNFP01375 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TNFP01375 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TNFP01375 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TNFP01375 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TNFP01375 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TNFP01375 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TNFP01375 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms