Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SHOX2O60902 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms