Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ASPDH-201ENST00000376916 848 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 IGLV3-9-201ENST00000390316 461 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AP000346.2-202ENST00000425948 383 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AL669831.4-201ENST00000447500 872 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC234582.2-201ENST00000455788 568 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SPRY4-AS1-206ENST00000515288 539 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 RNA5SP288-201ENST00000516075 93 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AP003108.1-201ENST00000534856 554 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 IDH3A-213ENST00000559205 566 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 RBMX-209ENST00000565438 1292 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC005736.3-201ENST00000571169 244 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 EMP3-204ENST00000596315 761 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC073254.1-209ENST00000604677 631 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 TBC1D3L-201ENST00000612727 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC117500.5-201ENST00000623233 527 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ZCCHC12-201ENST00000310164 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ACER1-201ENST00000301452 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 PDE3B-202ENST00000455098 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC002350.2-201ENST00000623894 1828 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SFTPA1-203ENST00000428376 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 LILRB5-203ENST00000449561 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 C1R-201ENST00000535233 2211 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 FGR-204ENST00000399173 2483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 DNM1L-220ENST00000549701 2487 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SLCO6A1-205ENST00000506729 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ZCCHC18-206ENST00000611638 2941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 PRKD2-206ENST00000595515 3012 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ZNF589-202ENST00000412564 593 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 OR4C14P-201ENST00000440929 923 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 TMA16-204ENST00000508268 608 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC009065.4-201ENST00000563734 543 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC092535.4-201ENST00000609548 397 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AP006248.1-201ENST00000610471 67 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AL590556.2-202ENST00000636906 844 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SERHL2-201ENST00000327678 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 XYLB-203ENST00000427323 1666 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 TFG-208ENST00000490574 1696 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 C16orf82-201ENST00000418886 2268 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ATG13-215ENST00000529655 2566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 CYB561-203ENST00000392976 3151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SERPINE3-204ENST00000524365 2293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 HDGF-203ENST00000368209 2171 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 CCT2-201ENST00000299300 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GAS6-AS2-201ENST00000608651 1952 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 FMR1-218ENST00000621447 1832 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC015813.5-201ENST00000624641 1514 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GRP-201ENST00000256857 848 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 NDUFB11-201ENST00000276062 948 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 OR6S1-201ENST00000320704 996 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 MIR1226-201ENST00000408658 75 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 FTH1P18-201ENST00000412071 549 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AL358876.2-201ENST00000424689 477 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC098649.1-201ENST00000427258 569 ntTSL 4 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AL357558.2-201ENST00000431915 425 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AL353653.1-201ENST00000452336 638 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 KCNC4-AS1-201ENST00000455967 748 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GYG1-209ENST00000483267 801 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC139493.2-202ENST00000510155 544 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 TBX5-AS1-202ENST00000531024 766 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 TRAPPC4-212ENST00000533058 1209 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 LINC02081-201ENST00000586185 877 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 LINC00969-241ENST00000600527 852 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC112220.4-201ENST00000604982 1263 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 DUSP27-201ENST00000271385 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ENOX1-201ENST00000261488 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AL031728.1-201ENST00000449034 2479 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 BTNL8-202ENST00000340184 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SDR9C7-201ENST00000293502 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SP140L-205ENST00000458341 1727 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 OR2A25-203ENST00000641663 1741 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ITGB2-206ENST00000397852 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 OS9-203ENST00000389142 2457 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GLB1L2-205ENST00000535456 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ECHDC2-201ENST00000358358 1126 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SLC35A2-203ENST00000376515 1044 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 THAP4-203ENST00000402545 833 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC104623.1-201ENST00000446357 546 ntTSL 4 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 FAM86JP-202ENST00000484500 988 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GIMAP6-202ENST00000493969 876 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GOLGA2P10-201ENST00000550961 817 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC004584.1-201ENST00000572187 549 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 CYP1B1-AS1-204ENST00000589303 579 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 IMPACT-201ENST00000284202 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 NRP2-203ENST00000357785 2926 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 RBL1-201ENST00000344359 3225 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 EDEM2-201ENST00000374491 1756 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
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