Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
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CLIP4Q8N3C7 HVCN1-203ENST00000439744 1215 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 BNIP3P42-201ENST00000454982 569 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
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CLIP4Q8N3C7 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
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CLIP4Q8N3C7 AP000346.4-201ENST00000614827 381 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 AC011447.5-201ENST00000616168 564 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 CR392039.2-201ENST00000623182 509 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
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CLIP4Q8N3C7 YIPF3-213ENST00000506469 1444 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 PPHLN1-206ENST00000395580 1693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 AC093899.2-201ENST00000513963 1935 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
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CLIP4Q8N3C7 TSC22D3-204ENST00000372384 2199 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 CRISPLD2-209ENST00000567845 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 PRAM1-201ENST00000423345 2667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
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CLIP4Q8N3C7 MALL-201ENST00000272462 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 NXF1-201ENST00000294172 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
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CLIP4Q8N3C7 AP000437.1-201ENST00000624057 2085 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
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CLIP4Q8N3C7 RNF220-204ENST00000372247 3010 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 CSNK1E-201ENST00000359867 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 HERC3-203ENST00000407637 2634 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 HSPA6-201ENST00000309758 2371 ntAPPRIS P1 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 SUGP2-203ENST00000452918 6176 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 FXYD5-201ENST00000342879 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 PRR3-202ENST00000376560 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
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CLIP4Q8N3C7 MIR9-3HG-201ENST00000536780 4778 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
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CLIP4Q8N3C7 GSDMA-201ENST00000301659 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 MYLK-202ENST00000354792 7531 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
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