Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF3Q9UKF6 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms