Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS28Q9UK41 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms