Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
ERCC4Q92889 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
ERCC4Q92889 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
ERCC4Q92889 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
ERCC4Q92889 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
ERCC4Q92889 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
ERCC4Q92889 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
ERCC4Q92889 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
ERCC4Q92889 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
ERCC4Q92889 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
ERCC4Q92889 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
ERCC4Q92889 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
ERCC4Q92889 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
ERCC4Q92889 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms