Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A3Q01955 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms