Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMS1P48059 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms