Protein–RNA interactions for Protein: P35249

RFC4, Replication factor C subunit 4, humanhuman

Predictions only

Length 363 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFC4P35249 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
RFC4P35249 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
RFC4P35249 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
RFC4P35249 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
RFC4P35249 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RFC4P35249 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RFC4P35249 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RFC4P35249 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
RFC4P35249 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
RFC4P35249 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
RFC4P35249 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RFC4P35249 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
RFC4P35249 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
RFC4P35249 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
RFC4P35249 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
RFC4P35249 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
RFC4P35249 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
RFC4P35249 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
RFC4P35249 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
RFC4P35249 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
RFC4P35249 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
RFC4P35249 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
RFC4P35249 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
RFC4P35249 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
RFC4P35249 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
RFC4P35249 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
RFC4P35249 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RFC4P35249 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RFC4P35249 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RFC4P35249 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RFC4P35249 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RFC4P35249 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC28.49■■■□□ 2.15
RFC4P35249 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RFC4P35249 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC28.49■■■□□ 2.15
RFC4P35249 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
RFC4P35249 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
RFC4P35249 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
RFC4P35249 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
RFC4P35249 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RFC4P35249 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RFC4P35249 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RFC4P35249 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RFC4P35249 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RFC4P35249 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
RFC4P35249 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
RFC4P35249 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RFC4P35249 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
RFC4P35249 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC28.48■■■□□ 2.15
RFC4P35249 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RFC4P35249 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RFC4P35249 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
RFC4P35249 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
RFC4P35249 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
RFC4P35249 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
RFC4P35249 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
RFC4P35249 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
RFC4P35249 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
RFC4P35249 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
RFC4P35249 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
RFC4P35249 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
RFC4P35249 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
RFC4P35249 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
RFC4P35249 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RFC4P35249 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
RFC4P35249 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RFC4P35249 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RFC4P35249 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
RFC4P35249 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RFC4P35249 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
RFC4P35249 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
RFC4P35249 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
RFC4P35249 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
RFC4P35249 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
RFC4P35249 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
RFC4P35249 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
RFC4P35249 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
RFC4P35249 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
RFC4P35249 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
RFC4P35249 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
RFC4P35249 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
RFC4P35249 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
RFC4P35249 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
RFC4P35249 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
RFC4P35249 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
RFC4P35249 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
RFC4P35249 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
RFC4P35249 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
RFC4P35249 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
RFC4P35249 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
RFC4P35249 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
RFC4P35249 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC28.43■■■□□ 2.14
RFC4P35249 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
RFC4P35249 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
RFC4P35249 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
RFC4P35249 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
RFC4P35249 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
RFC4P35249 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
RFC4P35249 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
RFC4P35249 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
RFC4P35249 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms