Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD3P31249 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD3P31249 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms