Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD9P28356 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC23■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC23■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC23■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD9P28356 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms