Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VIMP08670 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VIMP08670 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VIMP08670 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VIMP08670 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VIMP08670 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VIMP08670 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VIMP08670 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VIMP08670 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VIMP08670 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VIMP08670 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VIMP08670 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VIMP08670 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
VIMP08670 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VIMP08670 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VIMP08670 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VIMP08670 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VIMP08670 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VIMP08670 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VIMP08670 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VIMP08670 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VIMP08670 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VIMP08670 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VIMP08670 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VIMP08670 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VIMP08670 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VIMP08670 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VIMP08670 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
VIMP08670 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VIMP08670 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VIMP08670 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VIMP08670 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
VIMP08670 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VIMP08670 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VIMP08670 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VIMP08670 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
VIMP08670 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VIMP08670 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VIMP08670 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VIMP08670 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
VIMP08670 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VIMP08670 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VIMP08670 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VIMP08670 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VIMP08670 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VIMP08670 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VIMP08670 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VIMP08670 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VIMP08670 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VIMP08670 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VIMP08670 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VIMP08670 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VIMP08670 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VIMP08670 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VIMP08670 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms