Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 IDI2-AS1-204ENST00000437374 896 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 LINC00299-203ENST00000444688 537 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 DERL1-204ENST00000519018 575 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 TMEM241-208ENST00000542162 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC044802.2-201ENST00000551187 434 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC008555.6-201ENST00000605047 458 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PSAT1-201ENST00000347159 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 RHPN1-AS1-201ENST00000518049 1918 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 TSC22D3-204ENST00000372384 2199 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 MAD2L1BP-201ENST00000372171 1301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 TUBA3GP-201ENST00000410028 1325 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SKAP1-208ENST00000584924 1477 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 B4GALNT1-201ENST00000341156 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 RGS3-208ENST00000394646 2716 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 MKL1-204ENST00000402630 747 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 OR2T32P-201ENST00000403423 963 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 KDM5C-IT1-201ENST00000412242 755 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CLK2P1-201ENST00000416636 1294 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC004910.1-201ENST00000433493 787 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC104623.1-201ENST00000446357 546 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC010997.1-201ENST00000447646 350 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 VAMP2-203ENST00000481878 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SMUG1-213ENST00000506595 712 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 TMA16-204ENST00000508268 608 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 RPL30P11-202ENST00000509114 358 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 LINC00694-204ENST00000637612 1059 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 FAM183BP-201ENST00000409072 1595 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AS3MT-202ENST00000615257 1723 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 TCP11L1-209ENST00000531632 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PIN4-203ENST00000373669 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 NAXD-201ENST00000309957 2659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 ELMOD3-201ENST00000315658 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AC106872.9-201ENST00000512437 1393 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SAFB-205ENST00000588852 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SIRT5-203ENST00000379262 2339 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SLC5A7-202ENST00000409059 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 GTF2I-203ENST00000443166 979 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CHRD-206ENST00000450923 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AL513165.2-203ENST00000537239 717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 RAB42P1-201ENST00000555078 316 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CDIP1-205ENST00000563332 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 NAMA-207ENST00000605707 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PRAMEF25-201ENST00000614839 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PODN-207ENST00000618387 3065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SMIM11B-202ENST00000619874 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PRAMEF26-201ENST00000624207 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CUX1P39880 CPA5-203ENST00000461828 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CUX1P39880 KATNAL1-202ENST00000380617 1634 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
CUX1P39880 GMPR2-205ENST00000456667 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CUX1P39880 AHCYP7-201ENST00000560847 1308 ntBASIC22.45■■□□□ 1.19
CUX1P39880 IGF2BP2-202ENST00000382199 3688 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CUX1P39880 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CUX1P39880 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 GDAP1L1-208ENST00000617075 2645 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 CHFR-204ENST00000443047 2990 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 TTC39A-204ENST00000371750 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 FAM224A-201ENST00000419557 2031 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 TMPRSS4-213ENST00000522824 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 IFNAR2-201ENST00000342101 2606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SERPINB8P1-201ENST00000401898 377 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SERF2-205ENST00000403425 690 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC092284.1-201ENST00000511386 1289 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 VEGFA-224ENST00000523873 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC063924.1-201ENST00000546680 673 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC025219.1-201ENST00000559299 526 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC090950.1-202ENST00000605733 644 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SLC38A5-212ENST00000619100 2100 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SLC38A5-214ENST00000622196 2100 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 KCNQ1OT1_1.1-201ENST00000622358 464 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC138430.2-201ENST00000624068 504 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3-201ENST00000578492 2732 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 VOPP1-206ENST00000428097 1671 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 CAPN5-202ENST00000456580 2805 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 BEND3P1-201ENST00000421591 1944 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.4 ms